Workshop

Linux basics and scripting for bioinformatics

Braunschweig
26.11.24 - 28.11.24
Wissenschaftlich
BRICS

Wir, die Abteilung „Computational Biology for Infection Research“ am Helmholtz Zentrum für Infektionsforschung (HZI), freuen uns, unseren nächsten Bioinformatik-Workshop ankündigen zu können: „Linux basics and scripting for bioinformatics“. Der Kurs findet im BRICS-Gebäude (Rebenring 56, 38106 Braunschweig) vom 26. November bis 28. November 2024 statt. Die Sprache des Workshops ist Englisch.

Ziel des Kurses ist es, für die Teilnehmenden eine Grundlage für diese automatisierte Anwendung von (Bioinformatik-)Programmen zu schaffen. Dementsprechend sind interessierte Biolog*innen, Bioinformatiker*innen und Mediziner*innen und andere interessierte Personen eingeladen, an einem praktischen, persönlichen Workshop teilzunehmen, bei dem sie sich mit der Linux-Umgebung und der damit verbundenen Landschaft vertraut machen können, wobei gängige Bioinformatik-Tools als Beispiele für die Erstellung von Shell-Skripten dienen. Am letzten Tag des Workshops werden die Grundlagen des Slurm-Job-Schedulers behandelt, wie er speziell im HZI-Cluster eingesetzt wird, obwohl dieses Material allgemein anwendbar ist. Es wird auch Zeit zur Verfügung stehen, damit die Teilnehmenden ihre eigenen bioinformatischen Probleme diskutieren können.

Der Kurs setzt keine Linux-Kenntnisse voraus und wird in englischer Sprache abgehalten. Alle Teilnehmenden erhalten eine Teilnahmebescheinigung.

Agenda

Tag 1

  • Einführung in den Kurs
  • Einführung in Linux
  • Einloggen in die Kursumgebung
  • Verwendung der Shell, Navigieren im Dateisystem, Arbeiten mit Dateien, Verwendung von Befehlen
  • Berechtigungen

Tag 2

  • Skripting-Konstrukte / Pipelines
  • Installieren von Software
  • Arbeiten an einer Bioinformatik-Übung

Tag 3

  • Verwendung des Slurm Job Schedulers
  • Details der HZI-Umgebung

Wenn es die Zeit erlaubt

  • Zugehörige Themen (Skripting-Optionen, Git)
  • Diskussion von individuellen Problemen

Bitte beachten Sie, dass das Ziel des Kurses der Aufbau von Computerkenntnissen ist und die Verwendung von Bioinformatik-Tools als Vehikel dafür mit einer praktischen Übung, aber die Vermittlung der Verwendung von spezifischen Bioinformatik-Tools und -Methoden ist nicht das Ziel.

Voraussetzungen

Der Kurs setzt keine Linux-Kenntnisse voraus und wird in englischer Sprache abgehalten. Alle Teilnehmer erhalten ein Zertifikat über die Teilnahme am Kurs.

Arbeitsmittel

Laptop (wenn das ein Problem darstellt, melden Sie sich)

Weitere Informationen

Veranstaltungsort: BRICS-Gebäude (Rebenring 56, 38106 Braunschweig)

Weitere Informationen finden Sie hier.

Um sich für den Workshop anzumelden, füllen Sie bitte das Anmeldeformular unter dem folgenden Link aus.

Anmeldeschluss ist der 15. November.

Die Anzahl der Plätze ist begrenzt! Kurz nach Ablauf der Anmeldefrist werden wir Sie über weitere Einzelheiten informieren.

Sollten Sie Fragen zum Workshop haben, zögern Sie bitte nicht, uns eine E-Mail zu schicken.

Portrait Cordula Hege

Pressekontakt

Dr. Cordula Hege
Projektmanagerin