Doktorand (w/m/d) - „Dynamische Simulation von immunologischen Systemen“

Die ausgeschriebene Stelle ist Teil des NFDI4Immuno-Konsortiums(https://www.nfdi4immuno.de/), an dem Experten aus verschiedenen Bereichen wie Immunologie, Molekular- und Zellbiologie, Onkologie, Hämatologie, Genetik, Bioinformatik, maschinelles Lernen sowie Daten- und Softwaretechnik beteiligt sind. Ziel des NFDI4Immuno-Konsortiums ist es, die Fähigkeit zur Kombination von Daten und Metadaten aus immunologischen Experimenten, z. B. Zytometrie, Immunoassays, Sequenzierung und Bildgebung, aufzubauen und seinen Mitgliedern eine föderierte Infrastruktur für alle immunologischen Datentypen zu bieten. Darüber hinaus beabsichtigt das Konsortium die Entwicklung von Werkzeugen und Diensten, um seine Mitglieder bei der Übernahme und Nutzung der in den Repositories gespeicherten vernetzten und integrierten Daten zu unterstützen.

Unsere Gruppe konzentriert sich auf die Entwicklung von Simulationswerkzeugen für Keimzentren (GCs). Keimzentren sind mikroanatomische Strukturen in den lymphatischen Organen, die eine wichtige Rolle bei der Entwicklung von Antikörpern und Gedächtniszellen für eine lang anhaltende Immunität gegen Krankheitserreger spielen. Mit dem HYPHASMA-Simulationstool, das auf der Grundlage eines diskreten agentenbasierten Modellierungsansatzes entwickelt wurde, können wir die Dynamik von GCs auf subzellulärer Ebene und den Prozess der Affinitätsreifung simulieren und untersuchen. Der agentenbasierte Modellierungsansatz ermöglicht die Integration verschiedener Datentypen, z. B. verschiedener Ebenen der Sparsamkeit, Skala und Dimension, sowie mechanistischer Informationen. Auf der Grundlage von Immundaten, z. B. AIRR-seq, transkriptomischen Sequenzen und Zytometriedaten, können wir die Dynamik der Immunantwort untersuchen.
Als Teil des NFDI4Immuno-Konsortiums werden wir uns darauf konzentrieren, dem Konsortium agentenbasierte Modelle sowie eine benutzerfreundliche Schnittstelle zu unseren Simulationswerkzeugen zur Verfügung zu stellen. Ein zentraler Bestandteil dieses Vorhabens ist die Integration der Datensätze und -bestände des Konsortiums mit unseren Simulationswerkzeugen.